Ngữ hệ Eskimo-Aleut mang tính hỗn nhập phụ tố[4], cụ thể là hậu tố (trừ trường hợp ngoại lệ về một tiền tố dùng trong đại từ chỉ định của tiếng Inuktitut)

Tất cả mọi từ đều chỉ có một gốc từ (hình vị tự do) luôn nằm ở đầu.[5] Ngữ hệ Eskimo-Aleut có số lượng gốc từ tương đối nhỏ - chỉ cỡ 2.000 gốc trong trường hợp tiếng Yup'ik Trung Alaska.[6] Sau mỗi gốc từ là một số hậu căn (postbase), tức các hình vị phụ thuộc có chức năng bổ sung nghĩa căn bản của gốc từ. Nếu diễn tả nghĩa của hậu căn một cách đơn độc thì sẽ dùng một gốc từ trung tính đặc biệt (từ pi trong trường hợp tiếng Yup'ik Trung Alaska và Inuktitut).

Sau các hậu căn là những hậu tố phi từ vựng có chức năng biểu thị cách của danh từ và người, và trạng của động từ. Số lượng cách tùy ngôn ngữ, tuy nhiên nhóm ngôn ngữ Aleut có số cách ít hơn nhiều so với nhóm ngôn ngữ Eskimo. Nhóm ngôn ngữ Eskimo có tính khiển cách-tuyệt đối cách đối với danh từ và trong tiếng Yup'ik. Cuối mỗi từ có thể có một hình vị clitic mang nghĩa, chẳng hạn "nhưng".

Về mặt âm vị học, ngữ hệ Eskimo-Aleut giống với các ngôn ngữ khác của miền bắc Bắc Mỹ và viễn đông Xibia. Thường chỉ có ba nguyên âm a, i và u, trừ các phương ngữ Yup'ik có thêm nguyên âm giữa ə. Các thứ tiếng trong ngữ hệ không có phụ âm tống ra nhưng có âm bật không thành tiếng trong các trường hợp âm đôi môi, âm thân răng (coronal), âm vòm mềm (velar) và âm lưỡi gà (uvular), trừ tiếng Aleut - tuy không còn các khoảng dừng âm đôi môi nhưng có giữ lại âm mũi đôi môi. Có các phụ âm xát tương phản nằm cùng vị trí nhưng có thể hữu thanh hoặc vô thanh. Một đặc điểm hiếm tồn tại trong nhiều phương ngữ Yup'ik và Aleut là âm mũi vô thanh tương phản.